肛瘺這種疾病在做完手術(shù)后是有復(fù)發(fā)的可能，肛瘺的復(fù)發(fā)率約為10%，有些情況統(tǒng)計(jì)的數(shù)據(jù)為5%，肛瘺術(shù)后復(fù)發(fā)的原因95%以上是因?yàn)闆](méi)有準(zhǔn)確的找到內(nèi)口，或沒(méi)有把感染的原發(fā)病灶，感染的肛竇，肛門腺導(dǎo)管，或者是肛門腺，以及瘺管的支管的空腔，完全徹底地清除干凈，因?yàn)榈湼鶝](méi)有除掉，所以就會(huì)引起復(fù)發(fā)。
由于肛竇很小，肛門腺導(dǎo)管和肛門腺走向彎曲，有的向上，有的向下，廣泛分布在括約肌間隙之間，感染后可以四處蔓延形成彎曲，還有多個(gè)分支室腔的復(fù)雜情況，所以手術(shù)時(shí)要準(zhǔn)確找到原發(fā)的內(nèi)口，不是一件很容易的事，特別是那內(nèi)口有兩個(gè)以上，位置較高的高位復(fù)雜性肛瘺，就更困難了，萬(wàn)一找不到內(nèi)口，或在尋找中，人為的用探針捅出了一個(gè)內(nèi)口，手術(shù)后就會(huì)出現(xiàn)傷口不愈合，或再次出現(xiàn)肛瘺，不時(shí)的破潰、流膿的情況。
