在HIV感染的急性期，大量攜帶了一些病毒的淋巴細胞和巨噬細胞，穿過血腦屏障進入中樞神經(jīng)系統(tǒng)，由于病毒不會引起巨噬細胞死亡，可以長期潛伏在受感染的細胞當中，并且繼續(xù)感染小膠質細胞和一些少量的新型膠質細胞。
病理學改變可以看到一些血管周圍多核巨細胞形成的一個為主要表現(xiàn)的腦炎，也稱為HIV腦炎和神經(jīng)突觸減少以及神經(jīng)元新型膠質細胞凋亡的一些表現(xiàn)，誘導細胞凋亡的中心環(huán)節(jié)就是HIV通過新型家族趨化因子作用來破壞細胞，再由這些細胞介導中樞神經(jīng)細胞系統(tǒng)的一個炎癥反應，研究提示患者的腦組織當中多種趨化因子，細胞因子和炎性因子的含量是升高的，影響了神經(jīng)細胞的功能，導致了一個病理性的損害。
目前認HIV對于中樞神經(jīng)系統(tǒng)損害主要機制就是廣泛、彌漫的一個免疫激活和炎癥反應，但是對某些部位的損害可能更加突出，比如小機體結、腦干，白質區(qū)，額顳葉和海馬溝回等等，那么這些神經(jīng)解剖學特點決定了HIV感染所致神經(jīng)認知障礙的主要臨床表現(xiàn)，并指導著診斷的思路。
