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CLT（小兒慢性淋巴細(xì)胞性甲狀腺炎）的病因尚不清楚，但通常認(rèn)為CLT（小兒慢性淋巴細(xì)胞性甲狀腺炎）是環(huán)境因素和遺傳因素共同作用的結(jié)果。近年來(lái)較多的研究表明，易感基因在發(fā)病中也起一定作用。

1、遺傳因素，CLT（小兒慢性淋巴細(xì)胞性甲狀腺炎）的發(fā)病有家族聚集現(xiàn)象，常在同一家族的幾代人中發(fā)生，并常合并其他自身免疫性疾病，如惡性貧血、糖尿病、腎上腺功能不全等，顧認(rèn)為CLT（小兒慢性淋巴細(xì)胞性甲狀腺炎）的發(fā)病與遺傳有關(guān)。

2、免疫學(xué)因素，免疫學(xué)因素導(dǎo)致甲狀腺受損的機(jī)制還不完全清楚。

3、環(huán)境因素，環(huán)境因素的影響主要包括感染和膳食中的碘化物。

4、細(xì)胞凋亡。

5、胎兒微嵌合現(xiàn)象，胎兒微嵌合現(xiàn)象是指胎兒的原始細(xì)胞移位到母體的組織中，現(xiàn)認(rèn)為可能與自身免疫性疾病有關(guān)。

6、甲狀腺腫瘤。